Enigma: Beyond Code ist ein Deduktionsspiel. Der Sieg hängt von Ihrer Fähigkeit ab, die Motive anderer Spieler zu verstehen und die Karten zu finden, die Sie brauchen – und gleichzeitig andere von den Karten fernzuhalten, nach denen sie suchen. Jedes Spiel dauert 5–10 Minuten und es ist am besten, Enigma: Beyond Code bis zu drei Siege zu spielen.
Zu Beginn erhält jeder Spieler eine Charakterkarte mit dem Bild eines Kryptologieexperten, der im Haus der Agentur eingetroffen ist, um den Enigma-Code zu knacken. Aber nur einer von ihnen ist der wahre Entschlüsseler; die anderen geben sich einfach meisterhaft als Kryptologen aus. Jeder von ihnen hat eine einzigartige geheime Mission. Um die Missionen ihrer Charaktere zu erfüllen, schauen sich die Spieler abwechselnd die Villenkarten an. Jede dieser Karten repräsentiert einen Raum oder einen Gegenstand im Herrenhaus. Die eingeladenen Experten arbeiten als Team, das heißt, wenn man sich die Karte eines Herrenhauses ansieht, muss man anderen sagen, was sich dort befindet. Sie können lügen oder die Wahrheit sagen – es hängt von Ihren Zielen ab. Lügen ist immer ein Risiko, während das Sagen der Wahrheit dazu führen kann, dass Ihre Gegner gewinnen.
Der Spieler, der als Erster die Mission seines Charakters erfüllt, gewinnt das Spiel. Wenn dies niemand innerhalb des Zeitlimits des Spiels tut, bricht Chaos in unserer Welt aus und alle Spieler werden verlieren!